El presidente Rafael Núñez, compositor del Himno Nacional de Colombia, fue el principal líder de la Constitución de 1886 y del período de la Regeneración
El choque de intereses entre los estados federados debilitó la nación y creó nuevos conflictos políticos que dieron fuerza a un movimiento conservador que prefería el centralismo de estado y su fortalecimiento. Especialmente entre los años 1875 y 1880 el modelo liberal político-económico entra en crisis: no había infraestructura vial nacional, lo que ocasionó una separación entre los diferentes estados y la carencia de un comercio entre ellos, la agricultura estaba en decadencia, la exportación era lenta sólo con la primacía del oro y el café, este último llegó a alcanzar el 50% de las exportaciones nacionales. No había ningún proceso de industrialización. Este estado de cosas preparó el camino para que el liberal Rafael Núñez propusiera una reforma total del estado que eliminara el federalismo e instituyera un estado central fuerte y listo para emprender un proyecto económico nacional. Con una fuerte oposición de su propio partido, Núñez llegó a la presidencia central en 1880, pero como ésta era de tan sólo dos años, no tuvo el tiempo suficiente de adelantar su proyecto de reformas sociales y económicas. Fue elegido para un segundo período en 1884, esta vez con el respaldo del partido conservador, pero al siguiente año los liberales le declararon la guerra que el presidente supo responder y que lo fortaleció definitivamente para convocar una Asamblea Constituyente, la cual proclamó la Constitución de 1886. La misma reconoció como religión de estado a la católica, el poder central que abolió el federalismo, la concepción del estado como ente administrador en lo social y económico, la división del mismo en tres poderes democráticos (ejecutivo, legislativo y judicial) y el período presidencial fue aumentado a cuatro años. De esta manera se abrió una nueva época política en Colombia conocida como la regeneración la cual fue impulsada también por el presidente Miguel Antonio Caro en su período presidencial 1894–1898.
En junio de 1893 se inaugura Puerto Colombia, un viaducto de 720 metros de largo, con una profundidad de 40 a 45 pies y una longitud de 180 metros y 15 metros de ancho. Se convierte en el principal puerto marítimo de Colombia. En 1923 sería el tercer muelle más largo del mundo después del de South End y Southport.
Sus Líderes Fueron:
1. José María Campo Serrano
2. Eliseo Payán
3. Rafael Núñez
4. Carlos Holguín
5. Miguel Antonio Caro Tovar
6. Manuel Antonio San clemente